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野尻湖で発掘された、約４万年前のナウマンゾウやオオツノシカの化石など、40年近い発掘調査の成果を展示。氷河時代の“野尻湖人”が残した石器や骨器もあり、全国的にも注目される出土品が見られる。発掘現場のすぐ近くに博物館があることも意義深く、子供たちから専門家まで、年間約６万人もの来館がある。
 発掘は昭和23年に湖畔でナウマンゾウの臼歯（きゅうし）が発見され、古生物学者・井尻正二さんの提案で37年からスタートした。昨年までに14回、近年は３年ごとの実施で、全国25グループの「友の会」発掘愛好者が参加、毎回延べ１万人が集まるという。
施設は３階建てで、１階は収蔵庫、２階は展示室、３階は特別展示室と研究室。「ナウマンゾウの狩人を求めて」をテーマとした２階展示室では、実物大に復元された巨大なナウマンゾウ、オオツノシカが目を引く。骨格などから制作されたナウマンゾウの鳴き声を聞くこともできる。
臼歯や牙、骨などの展示プレートは、発掘者の名前入り。このほか、ゾウ狩りの道具、世界初のナウマンゾウの足跡化石、植物や花粉、貝や昆虫などの化石の展示。発掘の歴史が分かるパネル展示、ビデオ上映もある。
博物館は野尻湖発掘調査団が、地元で発掘成果を保存・公開したいと、信濃町に働きかけて昭和59年に誕生した。学習コーナーでは、上下合わせて４本あるナウマンゾウの大きな臼歯を実際にさわることができる。
開館以来学芸員を務める近藤洋一さんは、「郷土の歴史を自分たちで明らかにし、それを紹介する博物館でありたい。特に子供たちが興味を持ち、湖畔に立って氷河時代を想像してくれたらいいですね」と話していた。
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